zmiana zakresu wykoania umowy

Witam,
mam pytanie: przeprowadziliśmy postępowania z wolnej ręki na dodatkowe roboty budowlane. Wykonawca złożył ofertę na dany zakres prac za daną kwotę, która została wpisana do umowy. Po jakimś czasie nastąpiły nieprzewidziane okoliczności i z kosztorysu wypadło parę pozycji. Co za tym idzie kwota za wykonanie roboty będzie niższa niż w ofercie. Wykonawca wystawił już fakturę na kwotę już pomniejszoną o ten zakres. Czy powinien być na to aneks, czy można zrobić to notatką czy protokołem końcowym??? co robić?