VAT zwolniony - co z tą ofertą

Zamawiający w SWZ na usługi projektowe wskazał stawkę podatku VAT w wysokości 23%. Wykonawca złożył ofertę nie wliczając podatku VAT i nie podając żadnego powodu (brutto=netto). Wezwany do złożenia wyjaśnień oświadczył, że jest zwolniony podmiotowo.
Zamawiający podzielił zamówienie na etapy, z których 1-3 zakończą się po 11,5 miesiąca a ostatni etap to nadzór autorski, który "zadzieje się" po wyłonieniu wykonawcy RB. Problem polega na tym, już że wartość tych 3 etapów przekracza kwotę limitu podatkowego (200 tys zł) i ta kwota zostanie zaksięgowana w roku 2024 (nie przewiduje się płatności w roku bieżącym).
1. Czy słusznie zakładam, że wykonawca nie był uprawniony do nienaliczenia VAT, ponieważ już wartość transakcji przekracza limit zwolnienia?
2. Czy po tym jak złożył wyjaśnienie powinnam poprawić jego ofertę?
3. Jeżeli odpowiedź na pytanie 2 brzmi TAK, to czy wobec faktu, iż stosowana do rozliczeń z Zamawiającym jest cena brutto - czy słusznym jest, że zamawiający przyjmie ją za pewnik i od niej policzy VAT, a następnie ustali wartość netto etapów?
Bazując na orzeczeniach KIO 247/13 i 3503/22 oraz komentarzu do ustawy o VAT (Art. 113 VATU Michalik 2024, wyd. 17 - Jeżeli więc podatnik, korzystający ze zwolnienia na podstawie art. 113 ust. 1, osiągnął obrót na poziomie 80 000 zł, a następnie dokonał sprzedaży towaru o wartości 140 000 zł, to ze zwolnienia nie może skorzystać już w odniesieniu do tej transakcji – czyli czynności, która sprawiła, że kwota graniczna została przekroczona.; Art. 113 VATU red. Modzelewski 2023, wyd. 24 - W myśl przepisów obowiązujących od tego dnia opodatkowana podatkiem od towarów i usług będzie cała wartość czynności, której wykonanie spowodowało przekroczenie limitu. Wcześniej nie było co do tego jasności.) - w dalszym ciągu mam wątpliwość jak postąpić z tą ofertą.
Zakładając, że będę ją musiała poprawić to czy naliczać VAT do netto całej oferty, czy tylko do etapu 3, pomijając naliczenie VAT za etap 4?