Nie tak.
Protokołów można napisać mnóstwo, teoretycznie nawet wiele każdego dnia - i co? Każedgo dnia pakiet aneksów??? A może co jakiś czas nowa umowa??? Tak nie można, cbud troszkę gmatwa.
Wszystko zależy od zapisów obecnej umowy. Jeśli wynikają z niej aneksy, to trudno, robić jak w umowie, ale na przyszłość nie piszcie tak (a może już teraz jest inaczej).
Czasem w umowacj jest zapis, że wynagrodzenie zostanie ustalone odpowiednio do cen ofertowych i faktycznego wykonania. Bywają też, a przynajmniej powinny być zasady postępowania w przypadku robót zamiennych. Przy takich czy podobnych zapisach nie dochodzi do zmiany umowy, zaś zmiana ceny jest jedynie realizacją zapisów takiej umowy.
Protokół też może być uregulowany w umowie.
Ja tu ogólnie wymyślam, ale w każdym przypadku najważniejsze są zapisy umowy, bez ich znajomości trudno konkretniej doradzić.