Z autopsji znam podobną sytuację, gdzie zachodziły na siebie 2 rodzaje prac. Wg wstępnego harmonogramu prace zazębiały się tak bardzo, że dosłownie jedna ekipa pracowałaby 2-3 tygodnie, potem druga, potem znowu pierwsza i tak jeszcze ze 2 razy. Postanowiono mimo wszystko podzielić zamówienie na części. Okazało się, że na zadanie 1 postępowanie trzeba było unieważnić z powodu znacznego przekroczenia budżetu. Z zadaniem 2 było OK, ale wykonawca nie mógł rozpocząć prac mimo, że był gotowy (bo 1 część wg harmonogramu nie należała do niego). Powtórka zadania 1 nie przyniosła rozstrzygnięcia. Ogólnie prace się jeszcze nie zaczęły, a wykonawca zadania nr 2 wezwał do wyznaczenia terminu rozpoczęcia prac. Z tego co wiem, obecnie trwają jakieś przepychanki prawników.
Jeżeli pracę są tego rodzaju, że trzeba skoordynować prace różnych wykonawców i może to zagrozić właściwemu wykonaniu zamówienia to jednak bym nie dzielił zamówienia.
O ile nie jesteś sektorowcem, to poczytaj motyw 78 preambuły do dyrektywy 2014/24/UE. Mój prawnik zwłaszcza lubi fragment: "(...) nie podlegając nadzorowi administracyjnemu ani sądowemu."
Jeżeli będziesz dzielił zamówienie na części to pomyśl o jakimś zabezpieczeniu na wypadek unieważnienia którejś z części!