a) Na pewno szykować pieniądze w budżecie.
b) Sprawdzić zapisy obecnej umowy i siwz - czy są możliwości zapłaty za faktyczne wykonanie, czy całkowita kwota jest ograniczona, czy ewentualne ograniczenie można zmienić.
c) Jeśli są możliwości - wykonywać umowę, mocno nie przejmować się, w szczególności pierwotnym szacowaniem (istotna jest umowa) ani zapisem w ogłoszeniu o udzieleniu zamówienia (a może da się go zmienić? - nie miałem okazji).
d) Jeśli zapisy uniemożliwią pełną zapłatę - szykować kolejne zamówienie na ogólnych zasadach, nawet kosztem obecnego, nie przeciągać go i nie zwlekać, można nawet rozwiązać umowę.
e) W razie wątpliwości postarać się o poradę prawnika, najlepiej zakładowego.
Ja bym tak zrobił.