Zmiana warunków umowy

Ogłosiliśmy przetarg na kursy zawodowe, wykonawca wybrany, zamówienie zrealizowane. No i po realizacji zamówienia okazało się, że na wniosek osoby odpowiedzialnej za realizację umowy w jednym z kursów brały udział trzy osoby, a nie tak jak było w SIWZ i umowie dwie. Potwierdzają to między innymi listy obecności. Co prawda wykonawca się na to zgodził i nie domaga się dopłaty, ale już widzę pana kontrolera, który się do tego przyczepi i pewnie będzie miał rację.  Ma ktoś może pomysł jak to naprawić?