Kary za nieterminową płatność podwykonawcy??

Witam, mamy dość problematyczną kwestię związaną z zapłatą wykonawcy wobec podwykonawcy.
W umowie na RB Zamawiający zastrzegł, że w przypadku braku zapłaty lub nieterminową płatność wykonawcy wobec podwykonawcy zostaną mu naliczone Kary w wysokość 1% wartości zadania.

Przed zapłatą za fakturę wykonawcy przedstawiono zamawiającemu dowody zapłaty wobec podwykonawcy, z których wynikało, że jedna z faktur została zapłacona 2 tygodnie po terminie. Zamawiający potrącił z wypłaty wykonawcy kwotę naliczoną jako Kary umowne. Podwykonawca złożył jednakże sam zamawiającemu oświadczenie, że wszelkie należności wobec niego zostały uregulowane oraz wystąpił do zamawiającego z pismem informującym, że do nieterminowej zapłaty faktury zostało skierowane do niego pismo od wykonawcy wnioskujące o zmianę terminu płatności i prelongata do faktury, na co podwykonawca wyraził zgodę.

Czy w sytuacji takiej mamy prawo naliczać wykonawcy Kary za nieterminową płatność?
Moim zdaniem nie, ponieważ podwykonawca wyraził pisemną zgodę wykonawcy na inny termin płatności niż zostało to wskazane w fakturze.

Dyrekcja jednakże się z tym nie zgadza i kazała naliczyć Kary umowne....